Melnā naktene nereti sastopama kā nezāle dārzos, labprāt aug arī sētmalēs, gan ceļmalās. Tā sēklas augsnē saglabā 40 gadus. Melnajai naktenei patīk irdenas ar organiskajām vielam bagātas augsnes.

Ierobežošanas pasākumi ietver gan augsnes pamatapstrādi, gan pirmsējas apstrādi, šīs nezāles nopļaušanu pirms ziedēšanas. Augsni sagatavo agri, pirmās sadīgušās naktenes apkaro ar herbicīdiem. Apkaro nelielās devās izsmidzinot metribuzīnu un rimsulfuronu. Laukos, kur neaug kultūraugi var izsmidzināt raundapu un glifosātu preperātus.